Yo la agujereé tras haber leído bastante por foros guiris. Compré una caja por cuatro duros (además tenía el filtro recién puesto, eso que me voy a ahorrar ahora que me toca cambiarlo) para probar. Hay que hacer los agujeros en la parte inferior de la caja, no en la superior (ya que el aire entra por abajo y pasa por el filtro hacia arriba). Hay que hacerlos además en zonas de la caja que dan a zonas "frías" del vano motor, esto es, en la parte que da delante, y en la parte que da a la aleta. Nunca hacia la zona "caliente" (la que da al colector de escape), ni detrás (el aire perdería presión). También debes tener en cuenta que si, por ejemplo, quieres hacer dos agujeros muy próximos pequeños, es mejor que hagas uno solo más grande de área equivalente a la de ambos sumada (a más agujeros, más turbulencia total en la entrada del aire, y peor).
Hice tres agujeros en la parte delantera, por abajo, de más o menos centímetro y medio de diámetro. En la parte lateral que da a la aleta, dos agujeros de esa medida, en las esquinas de ese lateral de la caja, y tres de menos de un centímetro de diámetro. Para las medidas, me vi un poco obligado a hacerlo así por las brocas de las que disponía. Hice más agujeros para hacer varias pruebas. Como algún agujero no aportaba nada, o daba directamente al filtro (por estar situado muy arriba en esa parte inferior de la caja), lo tapé con cinta. Al final se quedó como he descrito arriba.
El sonido es de inducción, obviamente. En bajas suena un pelo artificial, en medios y altos ya suena muy bien. Lógicamente, sólo suena cargando el acelerador, a pedal constante no hay diferencia. Por otro lado, en mi caso provocaba a veces un eco en el caudalímetro cuando giraba la dirección en parado, una especie de "clonk", una pequeña molestia que ahora no tengo al haber vuelto a poner la caja original. Escuchando con atención en el vano motor podía oír pequeñas turbulencias de aire al accionar la mariposa (desde el habitáculo no). La intención era que sonara un poco mejor, y se cumplió. Poco más. Con el silencioso nuevo sonaba todo junto muy muy bien, pero muy excesivo.
Yo de ser tú si sólo quieres ganar sonido pondría un filtro como los que llevan por aquí uhia o Antimach. Si de todos modos lo haces, en la web hay mucha info, guglea con "mx5 drill airbox" o "mx5 swischeese airbox". No hay una forma idónea establecida.