No hay que volver a alinear el coche si sacas las ruedas. Es de pura lógica si conoces cómo trabaja la suspensión de un coche, de cualquier coche, conocimiento mínimo de ello. Si conocieses eso, deducirías que el alineado no se ve afectado.
El embrague en senso estricto va por el centro del coche, lo que está del lado del conductor siempre si el embrague es hidráulico es el bombín maestro del embrague (el embrague no es el bombín ni el pedal, es el embrague), por razones de cercanía con el pedal, el esclavo puede estar en cualquier sitio siempre a la altura del embrague (hay dos bombines, uno manda por un manguito presión hidráulica cuando es accionado por el pedal, el otro usa esa presión hidráulica que le llega por el manguito para mover un pistón que acciona a su vez una horquilla que acopla o desacopla un rodamiento que hay en el embrague, rodamiento que empuja o libera la maza que empuja a su vez el disco del embrague que lleva unido, disco el cual está hecho de un material de fricción para acoplarse girando o no con el volante motor que recoge el giro del motor a través del cigüeñal que le transmiten los pistones de los cilindros en su movimiento alternativo, todo ello para acoplar el giro del motor al de las ruedas a través de la transmisión, que transmite ese giro al diferencial, y a través de éste, que lo transmite a las ruedas ¿ves cómo hay que saber un mínimo de mecánica para entender las cosas?
).
En un MX5 si va por el lado derecho es porque el escape pasa por el izquierdo, y entre que hay poco sitio en el túnel de transmisión y que no conviene que ese líquido se caliente mucho...
Un silentblock es una pieza de goma o poliuretano que se usa para amortiguar el movimiento de ciertas piezas, y en algunos casos, colabora en el trabajo de lo que amortigua (como sucede en tu coche con los de la suspensión). En una suspensión verás uno allí donde haya articulaciones, hace muchos muchos años los coches no venía con silentblocks y había que "engrasarlos", hoy en día eso no hace falta.
Silentblocks hay para todo, se llaman así los de la suspensión, pero también lo son los tacos de goma que sujetan el tubo de escape, los tacos del motor, los tacos del soporte del diferencial, etc. etc. etc.
Todo esto son cosas superbásicas que sería mejor que aprendieses por tu cuenta.