Buenas!
Ahora leo este hilo.
Antes tenía un Mx5 NB1 naranja con motor 1.8, y me hacía exactamente lo mismo con lo de que al frenar, en proceso de detener el coche, las revoluciones bajaban por debajo del ralentí normal, y una vez detenido del todo, volvían a estabilizarse en las 800 rpm normales.
Siempre me pasó.
Me dí cuenta que pasaba cuando el coche estaba frio o "poco caliente", durante quizá los primeros 20 o 30 minutos de conducción.
Una vez llevas más rato, no pasaba.
Ahora vuelvo a tener un Mx5 NB1 (azul) también 1.8, y me pasa exactamente lo mismo.
En su día miré por ahí en el foro miata .net y al parecer llamaban a ese problema "IDLE DIP", creo recordar que se podía hacer algo para remediarlo, pero no investigué muy a fondo y no hice nada al respecto.